Cuando se borra una entidad del Designer del Entity Framework, se siguen quedando las referencias a las tablas dentro del archivo EDMX.
Hay 2 soluciones posibles:

1- El asistente tiene la logica para borrar toda referencia, pero en la base de datos es necesario cambiar de nombre las tablas para que el asistente las quite del EDMX.

2- La otra opcion y unica en un ambiente de produccion es, abrir el archivo EDMX y quitar toda referencia del XML a mano.

Lo mejorsito que encontre referente a este problema fue aca.